SNAREs, Rabs và các protein vỏ tham gia vào quá trình hình thành các bóng màng (chứa các phân tử chức năng) cùng với quá trình phân tách và dung hợp bóng màng

Một nhóm protein đặc biệt thực hiện chức năng nhận biết mục tiêu đích được gọi là SNARE và Rab. Các protein này tham gia vào quá trình dung hợp có chọn lọc và phóng thích các bong bóng màng cũng như các thể ống có chức năng như các thể vận chuyển hoạt động giữa các ngăn tế bào trong hệ thống nội màng.

Các protein SNARE và Rab được biết có sự liên hệ với các hệ thống màng khác nhau. Protein SNARE có mặt trên các bóng màng được gọi là v-SNARE (vehicle-SNARE) liên kết với các protein SNARE cùng loại có mặt trên màng mục tiêu gọi là t-SNARE (target membrane-SNARE).

Có nhiều gene mã hóa protein SNARE trên thực vật hơn so với động vật. Các protein SNARE không chỉ có chức năng trong dung hợp màng mà còn tham gia vào quá trình cố định tương tác giữa 2 màng khác nhau. Trong khi đó thì các protein Rab là những protein kích thước phân tử nhỏ gắn bới GTP nhằm cung cấp năng lượng và điều hướng các quá trình vận chuyển các bóng màng.

Có một enzyme ATPase quan trọng nằm trên các phiến của nội màng tham gia vào quá trình phá vỡ liên kết giữa v-SNARE và t-SNARE khi quá trình dung hợp xảy ra (xem hình).